De 1998 a 2000 foi reestruturada e deixou de indicar o campeão à Copa do Brasil. A Copa Rio sofreu várias alterações, obedecendo a um critério de classificação dos clubes nas divisões que participam a fim de integrarem uma edição. Em 2005 não houve vaga para a Copa do Brasil. Em 2007 o campeão foi indicado para o Brasileirão/Série C. A partir de 2008 as vagas são destinadas para a Copa do Brasil e Brasileirão/Série C e posteriormente Série D.
►1991: Não passa da 1ª fase. Grupo do Bonsucesso: Olaria, América e Portuguesa. Os melhores resultados foram: 20/04/91 – Olaria 0 x 0 Bonsucesso; 18/05/91 – América 0 x 0 Bonsucesso. Campeão: Flamengo.
►1992: Não passa da 1ª fase. Grupo do Bonsucesso: Madureira, Campo Grande e São Cristóvão. Os melhores resultados: 04/04/92 – Bonsucesso 0 x 0 São Cristóvão; 18/04/92 - Bonsucesso 2 x 1 Campo Grande. Campeão: Vasco.
►1993: Não passa da 1ª fase. Grupo do Bonsucesso: América, Madureira e Portuguesa. Os melhores resultados: 25/08/93 – Bonsucesso 1 x 1 Madureira; 28/08/93 – Bonsucesso 4 x 1 Portuguesa; 08/09/93 – Portuguesa 1 x 1 Bonsucesso. Campeão: Vasco.
►1994: Não passa da 1ª fase. Grupo do Bonsucesso: Madureira, Bangu e Campo Grande. Os melhores resultados: 14/09/94 – Bonsucesso 0 x 0 Bangu; 21/09/94 – Bonsucesso 0 x 0 Campo Grande; 28/09/94 – Bonsucesso 0 x 0 Madureira; 02/10/94 – Bangu 2 x 2 Bonsucesso; 08/10/94 – Campo Grande 0 x 0 Bonsucesso. Campeão: Volta Redonda.
►1995: Não passa da 1ª fase. Grupo do Bonsucesso: Olaria, São Cristóvão, Portuguesa, Barra da Tijuca e Madureira. Os melhores resultados: 19/08/95 – Bonsucesso 0 x 0 Olaria; 23/08/95 – Bonsucesso 1 x 0 Madureira; 02/09/95 – Bonsucesso 1 x 1 Portuguesa; 06/09/95 – Bonsucesso 1 x 1 São Cristóvão; 16/09/95 – Madureira 1 x 1 Bonsucesso; 20/09/95 – Bonsucesso 1 x 1 Barra da Tijuca; 23/09/95 – Bonsucesso 4 x 1 Portuguesa. Campeão: Volta Redonda.
►1996: Duas fontes de pesquisa. Para uma fonte não houve a disputa. Para a outra não há as equipes participantes, apenas a informação do vencedor. Campeão: Rubro.
►1997: Bonsucesso não participou. Campeão Duquecaxiense.
►1998: Apesar de não passar da 1ª fase, foi a melhor colocação dentro de grupo (2º) e no geral (6º lugar, o Flamengo ficou em 7º) e também o maior número de vitórias em comparação com as outras participações. O probleminha foi a má sorte de cair no grupo que tinha o Fluminense e nesse grupo só passava de fase o 1º colocado. O grupo era formado por Fluminense, Campo Grande e Olaria. Os melhores resultados: 21/10/98 – Bonsucesso 1 x 0 Campo Grande; 24/10/98 – Bonsucesso 2 x 1 Olaria; 07/11/98 – Campo Grande 0 x 2 Bonsucesso; 11/11/98 – Olaria 0 x 2 Bonsucesso. Campeão: Fluminense.
►1999: única edição que o Bonsucesso passou para a 2ª fase e que aplicou uma goleada histórica de 7 a 1 no Duquecaxiense. O grupo da 1ª fase era composto por Mesquita, Bangu, Madureira e Canto do Rio. Os melhores resultados da 1ª fase: 18/09/99 – Bonsucesso 2 x 1 Canto do Rio; 25/09/99 – Bonsucesso 2 x 2 Bangu; 02/10/99 – Madureira 1 x 1 Bonsucesso; 06/10/99 – Bonsucesso 0 x 0 Mesquita; 09/10/99 – Canto do Rio 0 x 0 Bonsucesso (nesse jogo em Caio Martins, conheci o André Veras. O “doente” deixou o “Reino de Campos” e voltou a morar no Rio. Será que ele lembra?). Na 2ª fase o grupo do Bonsucesso era formado por CFZ, Americano e Duquecaxiense. O Rubro-Anil não passa para a 3ª fase. Os melhores resultados: 30/10/99 - Bonsucesso 7x1 Duquecaxiense; 04/11/99 - Duquecaxiense 2x2 Bonsucesso; 07/11/99 - Bonsucesso 2x2 Americano; 11/11/99 - Bonsucesso 1x0 CFZ do Rio; 18/11/99 - CFZ do Rio 2x3 Bonsucesso (o CFZ ganhou os pontos devido o Bonsucesso colocar em campo jogador irregular. Se o resultado fosse mantido, o Bonsucesso estaria classificado para a 3ª fase). Campeão: Volta Redonda.
▲Em 2000, 2005 e de 2007 a 2010, o Bonsucesso não participou. Não houve a competição de 2001 a 2004 e 2006. A seguir, listagem dos campeões.
►2000: Portuguesa.
►2005: Tigres
►2007: Volta Redonda
►2008: Nova Iguaçu
►2009: Tigres
►2010: Sendas