Tradicional agremiação do Rio de Janeiro, pertencente ao bairro de Bonsucesso, que lhe inspirou o nome, já foi finalista do Campeonato Carioca da 1º Divisão, em 1924, quando terminou derrotada pelo Vasco na final por 1 a 0, sagrando-se vice-campeã carioca.
A sua primeira praça esportiva se localizava na Rua Uranos, inaugurada a 3 de fevereiro de 1918, com a partida Bonsucesso FC 3 a 4 River FC, tendo como árbitro, Máximo Martins. Já o seu segundo campo foi na Avenida dos Democráticos, inaugurado a 3 de maio de 1927, com o jogo principal Bonsucesso 4 a 1 Olaria, e o jogo posterior, São Cristóvão AC, atual São Cristóvão FR, 4 a 2 Flamengo.
Em 1929 estreia sua nova praça de esportes para a 1ª divisão carioca da AMEA, o Campo da Estrada do Norte, que depois transformou-se em Estádio da Teixeira de Castro (Av. Teixeira de Castro) e atualmente Estádio Leônidas da Silva. No dia 29 de junho de 1947 são inauguradas as novas arquibancadas de concreto e a nova social. O dia festivo foi marcado por dois jogos. O principal Bonsucesso 3 a 2 Madureira e o jogo posterior, Botafogo 5 a 5 Fluminense.
Em 1919, o clube foi campeão carioca da Liga Suburbana de Futebol. É o maior título de primeira divisão do clube em gramados cariocas. A campanha foi essa: oito vitórias, cinco empates e duas derrotas.
Buscando maior projeção no cenário esportivo carioca, em 1920, o clube ingressa na liga organizadora do campeonato da "elite esportiva carioca", a LMDT. Na Liga Metropolitana de Desportos Terrestres o Bonsucesso conquistou o título carioca da segunda divisão em 1921 e chegou a final da primeira divisão em 1924 ao ser Campeão da Série B {o campeonato da 1ª divisão foi dividido em três séries e os campeões de cada série formaram o triangular final}(8). Filiado na Associação Metropolitana de Esportes Atléticos, foi tri-campeão carioca da segunda divisão em 1926, 1927 e 1928. Em 1927, conquistou a segunda divisão de forma brilhante.
Obteve todos os pontos ao vencer dez jogos consecutivos, tendo o dobro de pontos do segundo colocado. Em 1929, foi a estreia do Bonsucesso na primeira divisão da AMEA. Obteve a sétima colocação ficando a frente do Club de Regatas do Flamengo que terminou a competição em décimo.
Em 1932, fez uma bela campanha no Torneio Preparatório com duas goleadas, uma sobre o Flamengo por 5 a 0, outra sobre o Carioca Futebol Clube por 8 a 3, e um empate em 2 a 2 com o Botafogo de Futebol e Regatas. Esse torneio foi paralisado quando o Bonsucesso liderava a Chave A, mas apesar da interrupção, os jogos não foram anulados.
Em 1933, no Campeonato Carioca, terminou a competição com o mesmo número de pontos do Club de Regatas Vasco da Gama, terceiro lugar, ficando à frente de America Football Club e Flamengo, último lugar. No mesmo ano participou do primeiro Torneio Rio-São Paulo, ficando à frente dos clubes paulistas de pequeno investimento. No Rio goleou os grandes paulistas, São Paulo Futebol Clube e Sport Club Corinthians Paulista, por 5 a 4 e 3 a 0, respectivamente.
Em 1937, integra a lista de clubes fundadores da Liga de Futebol do Rio de Janeiro (LFRJ), "liga-mãe" da atual Federação de Futebol do Rio de Janeiro.
Em 1939, sob o comando de Gradim, o Bonsucesso conquistou o seu maior título sub-20 da 1ª divisão. Foi campeão carioca da categoria juvenil, equivalente hoje à categoria júnior.
No ano de 1952 foi realizado o Torneio Extra. Foi uma bela campanha do Bonsucesso na primeira fase. Classificou-se em segundo no grupo para o quadrangular final à frente do Fluminense Football Club, Vasco da Gama, Olaria Atlético Clube e Canto do Rio Foot-Ball Club, desclassificados. No quadrangular ficou na terceira colocação. Neste ano, foi Campeão Invicto do 3º Torneio Quadrangular de Juiz de Fora.
Em 1953, participou do Torneio Jânio Quadros, em São Paulo.
Em 1954, Campeão do Torneio Triangular de Araguari.
Em 1955, fez uma bela campanha no Campeonato Carioca, conseguindo a classificação para a outra fase, terceiro turno, ficando à frente do Botafogo, que não venceu o Bonsucesso nesse campeonato e foi desclassificado. Em 1956, chegou à final do Torneio Início eliminando a Associação Atlética Portuguesa, Vasco da Gama e América. Mas caiu diante do Fluminense pelo placar de 1 a 0.
No final de década de 50 e no início da década de 60, o Bonsucesso conquistou dois títulos na Bahia. Em 1959, foi campeão do Torneio Adroaldo Ribeiro Costa. Os jogos foram realizados no antigo Estádio da Fonte Nova em Salvador. Em 1961, o Bonsucesso foi campeão do Quadrangular de Feira de Santana. Os dois torneios contaram com participações de tradicionais equipes do futebol Baiano, como Fluminense de Feira, Bahia de Feira, Leônico, Galícia e Ypiranga.
Em 1965, conquistou a 6ª colocação no Campeonato Carioca a frente do America. Na frente do Cesso, Flamengo, Bangu, Fluminense, Botafogo e Vasco.
Em 1967, participou de dois torneios realizados no Estádio Mário Filho. Venceu o Torneio Paulo Rodrigues obtendo quatro vitórias e duas derrotas e foi vice-campeão do Torneio José Trócoli, obtendo quatro vitórias e duas derrotas.
Em 1968, o Bonsucesso, quarto colocado, ficou à frente do Vasco da Gama, quinto colocado, na Taça Guanabara. Ano marcado pela vitória do Bonsucesso sobre o Flamengo por 2 a 0, no Maracanã. Neste jogo bastava um empate para o Flamengo ser campeão. Com o resultado, houve uma nova decisão do campeonato e o Botafogo foi o campeão. Também nesse ano, participou do Torneio da Cidade de Aracaju. No Campeonato Carioca conquistou a 6ª colocação junto com o Fluminense. Na frente do Cesso, Botafogo, Vasco, Flamengo, America e Bangu.
Em 1969, pela segunda vez consecutiva, o Bonsucesso, quinto colocado, ficou à frente do Vasco da Gama, sexto colocado, na Taça Guanabara. No Campeonato Carioca obteve a 6ª colocação à frente do Bangu. Na frente do Cesso, Fluminense, Flamengo, Botafogo, Vasco e America.
Em 1970, foi vice-campeão do II Torneio Otávio Pinto Guimarães com cinco vitórias, três empates e uma única derrota na final.
Em 1974, obteve a 6ª colocação no Campeonato Carioca, a frente do Bangu Atlético Clube, último colocado. Na frente do Cesso, Flamengo, Vasco, America, Botafogo e Fluminense.
Em 1975, o Bonsucesso escreveu na sua história a participação do Torneio Conde de Fenosa, na cidade espanhola da Corunha, juntamente com o Deportivo La Coruña e o River Plate da Argentina, com o grande triunfo do Bonsucesso nesse torneio tendo sido sobre o time argentino, quando o venceu por 1 a 0, gol de Oliveira, com uma grande atuação de seu goleiro, Pedrinho. O Bonsucesso terminou a competição como vice-campeão ao empatar com o Deportivo La Coruña em número de vitórias, derrotas, saldo e tiros livres na marca "penal", mas perdeu o título pela desvantagem do confronto direto, pois havia sido derrotado pelo Deportivo por 1 a 0. Jogos deste torneio: 30 de agosto de 1975; La Coruña 1 a 0 Bonsucesso (Tiros livres: La Coruña 2 a 4 Bonsucesso); 31 de agosto de 1975; Bonsucesso 1 a 0 River Plate (Tiros livres: Bonsucesso 3 a 4 River Plate); 1 de setembro de 1975; La Coruña 1 a 2 River Plate (Tiros livres: La Coruña 5 a 1 River Plate).
O clube foi campeão estadual infantil, em 1975, de foma invicta, tendo como revelação Maurício, ponta-direita que mais tarde faria o gol do título estadual do Botafogo sobre o Flamengo, em 1989, acabando com um jejum de 21 anos do clube alvinegro.
Em 1976, foi campeão do Torneio Valdir Benevento de forma invicta, com três vitórias e três empates.
Em 1978, foi vice-campeão do Torneio Integração Murilo Portugal.
Em 1980 e 1983, participou da Taça de Prata, campeonato equivalente a atual Série B do Campeonato Brasileiro.
De 1981 a 1985, o Bonsucesso oscilou entre a 1ª e 2ª divisões, conquistando dois títulos da “segundona”. Foi campeão em 1981 e 1984.
Em 1982, formando um triangular com Madureira Esporte Clube e Portuguesa, foi campeão do Torneio Incentivo Manoel Gomes da Silva.
Em 1983, foi um dos clubes pioneiros na introdução do futebol feminino no Rio de Janeiro. De forma invicta foi Campeão Carioca Juvenil Feminino.
Em 1993 foi o segundo colocado do Grupo B da 1ª divisão no 1º turno e ascendeu ao Grupo A no 2º turno. Sem investimentos, permaneceu com o mesmo time e voltou a cair ao término da Taça Rio.
Em 1998, na Copa Rio, participou do grupo do Fluminense e terminou a primeira fase em segundo à frente do Olaria e Campo Grande Atlético Clube. O Fluminense foi o primeiro colocado e se classificou para a outra fase.
Em 2003, foi campeão da Terceira Divisão, ficando na segunda colocação o Mesquita Futebol Clube. Ambos haviam sido rebaixados da Segunda Divisão no ano anterior.
Em 2011, após 18 anos na segundona, e depois de 27 anos do último título profissional na Segunda Divisão, retornou à elite do Campeonato Estadual, após vencer por 2 a 1, o Estácio de Sá Futebol Clube. Na última rodada, ao empatar com o Quissamã Futebol Clube, sagrou-se campeão estadual da Série B de 2011.
Em 2012, de volta à elite do Campeonato Estadual, voltou a ser rebaixado para a segunda divisão, após empatar na última rodada com o Friburguense Atlético Clube, somando ao final da Taça Guanabara e Taça Rio, 13 pontos em 15 jogos. 2 vitórias, 7 empates e 6 derrotas, ficando somente à frente do Americano Futebol Clube, de Campos, que somou 9 pontos. Foi impedido pela FFERJ de jogar em Teixeira de Castro sendo o único clube da elite, naquele ano, a não cumprir o mando de campo em seu próprio estádio. Por um ponto, o Rubro-Anil deixou a série A.
No Bonsucesso, o grande craque Leônidas da Silva, o "Diamante Negro", marcou o primeiro gol de bicicleta da história. Outro jogador de destaque que passou pelo Bonsuça, foi o ex-lateral de Cruzeiro e Seleção Brasileira, Nelinho, que teve o Bonsucesso como o seu primeiro clube profissional.
